1. 가계 및 성장기

찬성 자(磁)의 증손으로, 별제 강(橿)의 손자이고, 현감 교(喬)의 아들이며, 어머니는 정랑 임제(林悌)의 딸이다. 부인은 영의정 이원익(李元翼)의 손녀이다.
1615년(광해군 7) 정언옹(鄭彦$옹01)에게 글을 배우고, 1617년 아버지가 거창현감에 임명되자 아버지를 따라가서 문위(文緯)를 사사하였으며, 그의 소개로 정구(鄭逑)를 찾아가 스승으로 섬겼다.
1624년(인조 2) 광주(廣州)의 우천(牛川)에 살면서 자봉산(紫峯山)에 들어가 독서와 글씨에 전념하여 그의 독특한 전서(篆書)를 완성하였다.

2. 관력과 행적

1626년 인조의 생모 계운궁 구씨(啓運宮具氏)의 복상(服喪)문제와 관련하여 유신(儒臣) 박지계(朴知誡)가 원종의 추숭론(追崇論)을 제창하자, 그는 동학의 재임(齋任)으로서 임금의 뜻에 영합하여 예를 혼란시킨다고 유벌(儒罰)을 가하였다.
이에 인조는 그에게 정거(停擧)를 명하였는데, 뒤에 벌이 풀렸으나 과거를 보지 않고 자봉산에 은거하여 학문에만 전념하였다.
1636년 병자호란을 당하여 영동(嶺東)으로 피난하였다가 이듬해 강릉·원주를 거쳐 상주에 이르렀으며, 1638년 의령의 모의촌(慕義村)에서 살게 되었다.
1641년 다시 사천으로 옮겼으며, 그뒤 창원·칠원(漆原) 등지로 전전하다가 1646년 마침내 경기도 연천의 고향으로 돌아왔다. 다음해 어머니의 상을 당하자 상중에 《경례유찬 經禮類纂》을 편찬하기 시작하여 3년 뒤에는 상례편(喪禮篇)을 완성하였다.
1650년(효종 1) 정릉참봉에 제수되었으나 1개월 만에 사임하였다.
이듬해 내시교관이 된 뒤 조지서별좌(造紙署別坐)·공조좌랑을 거쳐 용궁현감에 임명되었으나 부임하지 않았다.
1657년 공조정랑에 이어 지평에 임명되었으나, 효종을 만나 소를 올려 군덕(君德)과 정폐(政弊)를 논하고 사임을 청하였다. 이에 사복시주부로 옮겼으나 사직하고 고향에 돌아왔다.
1659년 장령이 되어 군덕을 논하는 소를 올렸으며, 또한 당시 송시열(宋時烈)·송준길(宋浚吉) 등이 주도하는 북벌정책에 신중할 것을 효종에게 간하는 옥궤명(玉几銘)을 지어 바쳤다.
이어 둔전의 폐단을 논하였다. 이해 효종이 죽자 상소로써 상례를 논하였고, 장악원정(掌樂院正)에 임명되었으나 나가지 않았다.
1660년(현종 1) 경연(經筵)에 출입하였고, 다시 장령이 되어 효종에 대한 조대비(趙大妃:인조의 繼妃)의 복상기간이 잘못되었으므로 바로잡아야 한다고 상소하여 정계에 큰 파문을 던졌는데, 이를 기해복제라 한다.

3. 복제논쟁

당시 송시열 등 서인(西人)은 《경국대전》에 의거하여 맏아들과 중자(衆子)의 구별 없이 조대비는 기년복(朞年服:1年喪)을 입어야 한다고 건의하여 그대로 시행되었다.
그러나 실은 의례(儀禮) 주소(註疏)에 의거하여 효종이 체이부정(體而不正), 즉 아들이기는 하지만 맏아들이 아닌 서자에 해당된다고 해석하여 기년복을 주장하였던 것이다.
이에 대하여 그는 효종이 왕위를 계승하였고 또 종묘의 제사를 주재하여 사실상 맏아들노릇을 하였기 때문에 어머니의 맏아들에 대한 복으로서 자최삼년(齊衰三年)을 입어야 한다고 주장하였다.
이러한 복제논쟁의 시비로 정계가 소란하여지자 왕은 그를 삼척부사로 임명하였다. 여기서 그는 향약을 만들어 교화에 힘썼으며, 《척주지 陟州誌》를 편찬하는 한편, 《정체전중설 正體傳重說》을 지어 삼년설을 이론적으로 뒷받침하였다.
1674년 효종 비 인선왕후(仁宣王后)가 죽자 조대비의 복제문제가 다시 제기되었다. 조정에서는 대공(大功)으로 9개월복을 정하였으나 대구유생 도신징(都愼徵)의 상소로 다시 기해복제가 거론되었다.
《경국대전》에 의하면 맏아들·중자의 구별이 없이 부모는 아들을 위하여 기년복을 입는다고 규정하였으나 며느리의 경우 맏며느리는 기년, 중자처는 대공으로 구별하여 규정하였다.
그런데 인선왕후에게 대공복(大功服)을 적용함은 중자처(衆子妻)로 대우함이고, 따라서 효종을 중자로 보기 때문이었으며 이에 대한 근거는 《경국대전》이 아니라 고례(古禮)의 체이부정설이었다.
이는 효종의 복제와 모순되는 것으로서 새로이 즉위한 왕, 즉 숙종의 노여움을 사게 되었고, 기해복제가 잘못이라 판정되어 송시열 등 서인은 몰리게 되고 그의 견해가 옳았다고 인정되어 대공복을 기년복으로 고치게 되었다. 이로써 서인은 실각하고 남인의 집권과 더불어 그는 대사헌에 임명되었으나 사직소를 올렸고, 병이 나자 숙종은 어의를 보내어 간호하기까지 하였다.

4. 왕의 총애와 실각

1675년(숙종 1) 이조참판·비국당상(備局堂上)·귀후서제조(歸厚署提調)를 거쳐 자헌대부(資憲大夫)에 승진되고, 의정부우참찬 겸 성균관제조로 특진되었다.
이어 이조판서를 거쳐 우의정에 승진되어 과거를 거치지 않고 유일(遺逸)로서 삼공(三公)에 올랐다. 이해 덕원(德源)에 유배중이던 송시열에 대한 처벌문제를 놓고 영의정 허적(許積)의 의견에 맞서 가혹하게 처벌할 것을 주장, 이로 인하여 남인은 양파로 갈라져 송시열의 처벌에 온건론을 주장하던 탁남(濁南)과 대립, 청남(淸南)의 영수가 되었다.
지덕사(至德祠)의 창건을 건의하고, 체부(體府)·오가작통법(五家作統法)·지패법(紙牌法)·축성(築城) 등을 반대하였으며, 이해 왕으로부터 궤장(几杖)이 하사되었다.
이듬해 차자(箚子)를 올려 치병사(治兵事)·조병거(造兵車) 등 시폐(時弊)를 논하였다. 이해 사임을 아무리 청하여도 허락하지 않아 성묘를 핑계로 고향에 돌아왔으나 대비의 병환소식을 듣고 예궐하였다.
특명으로 기로소당상(耆老所堂上)이 되었는데 음사(蔭仕)로서 기로소에 든 것은 특례였다.
1677년 비변사를 폐지하고 북벌준비를 위하여 체부를 설치할 것과 재정보전책으로 호포법(戶布法) 실시를 주장하는 윤휴(尹鑴)에 맞서 그 폐(弊)를 논하고 반대하였다.
이듬해 판중추부사에 임명되었으나 곧 사직하고 고향으로 돌아왔으며, 나라에서 집을 지어주자 은거당(恩居堂)이라 명명하였다.
1679년 강화도에서 투서(投書)의 역변(逆變)이 일어나자 상경하여 영의정 허적의 전횡을 맹렬히 비난하는 소를 올리고 고향으로 돌아왔다.
이듬해 경신대출척으로 남인이 실각하고 서인이 집권하자 관작을 삭탈당하고 고향에서 저술과 후진양성에 전심하였다.

5. 업적

그는 이기론(理氣論)에 있어서 기(氣)는 이(理)에서 나오고 이는 기에서 행하므로 이기를 분리시킬 수 없다고 주장하였다.
또, 독특한 도해법(圖解法)으로 해설한 《심학도 心學圖》와 《요순우전수심법도 堯舜禹傳授心法圖》를 지어 후학들을 교육하였다. 그의 사후 1688년 관작이 회복되고, 숙종은 예장(禮葬)의 명령을 내려 승지를 보내어 치제(致祭)하였으며, 자손을 등용하도록 하고 문집을 간행하게 하였다.
그림·글씨·문장에 모두 능하였으며, 글씨는 특히 전서에 뛰어나 동방 제1인자라는 찬사를 받았다. 작품으로 삼척의 척주동해비(陟州東海碑), 시흥의 영상이원익비(領相李元翼碑), 파주의 이성중표문(李誠中表文)이 있고, 그림으로 묵죽도(墨竹圖)가 전한다.
저서로는 《동사 東事》·《방국왕조례 邦國王朝禮》·《경설 經說》·《경례유찬 經禮類纂》·《미수기언 眉叟記言》이 있다.
1691년 그의 신위(神位)를 봉안하는 사액서원으로 미강서원(嵋江書院)이 마전군(麻田郡)에 세워졌으며 나주의 미천서원(眉川書院), 창원의 회원서원(檜原書院)에도 제향되었다. 시호는 문정(文正)이다.